Programma che vi consentirà di plottare in forma grafica DNA o frammenti di DNA inserendo le coordinate genetiche dei loro elementi, cioè i geni. Permette anche di effettuare tutta una serie di analisi molto complesse per la cui comprensione vi consigliamo di visitare il sito del produttore.

VMD consente di visualizzare l'animazione di grandi strutture molecolari. Il programma richiede dei particolari requisiti hardware , quindi prima di scaricarlo è preferibile consultare il sito del produttore.